История возникновения и развития самого Балтийского моря началась при отступлении последнего Валдайского ледника примерно 15 тысяч лет назад, когда край ледника протягивался вдоль южной границы. 
Ледник был очень большим - его толщина достигала более километра и, когда он отступал, то на своем пути сгладил возвышенности, царапая твердые породы, захватывая с собой массу рыхлого материала, щебня и валунов.  При этом лед превращался в огромные массы воды, уровень океана повышался, и появилась серия предледниковых озер. 
По мере отступления ледника эти озера соединились в единое Балтийское ледниковое озеро, было оно очень холодным, в нем даже плавали айсберги.

Сегодня Балтийское море – важнейший транспортный коридор, связывающий Россию, Европу и Азию. 
Экологи утверждают, что коридор этот давно завален мусором и нуждается в очистке.  

Решение о ежегодном праздновании Дня Балтийского моря было принято на 17-м заседании Комиссии по охране морской окружающей среды района Балтийского моря (ХЕЛКОМ)  в  1986 году.
Членами ХЕЛКОМА являются девять стран морского побережья – Россия, Финляндия, Швеция, Дания, Германия, Польша, Литва, Латвия и Эстония, а также Европейский союз.

Стремительное развитие портовых комплексов в Санкт-Петербурге и Ленинградской области, рост нефтеперевозок создают серьезные экологические риски, считают экологи.  Уже сейчас по Неве через Санкт-Петербург ежегодно транспортируется почти 5 млн тонн нефтепродуктов, по Финскому заливу перевозится 30–40 млн т нефтепродуктов в год, в ближайшей перспективе этот объем может возрасти до 100 млн т.

Представители государственных природоохранных служб и экологических общественных организаций считают, что должен быть принят ряд мер по снижению риска нефтяного загрязнения на Балтике, в том числе: расчет экологической емкости акватории Финского залива; квотирование количества танкеров, находящихся в акватории залива в определенный отрезок времени; вывод из эксплуатации однокорпусных танкеров; разработка комплексного плана по ликвидации нефтяных разливов и др.

22 марта 2000 года в Санкт-Петербурге по решению Государственного Комитета Российской Федерации по охране окружающей среды впервые был отмечен  Международный День Балтийского моря. 
Санкт-Петербург – один из старейших российских городов, расположенных на побережье Балтийского моря. Именно в нем соединены традиции российской и западной культуры, именно он является российским окном в Европу.
Начиная с 2000 Международный День Балтийского моря   проводится  в России ежегодно.

Этот праздник совпадает с другим, не менее важным, праздником - Международным Днем Воды, установленным ООН. 
Такое совпадение не случайно, оба праздника дополняют друг друга, и в перспективе было бы хорошо общими организаторскими и финансовыми возможностями объединить их в одно крупномасштабное событие.

Цель проведения Дня Балтийского моря - популяризация идей Хельсинкской Конвенции, широкое информирование общественности и специалистов о деятельности ХЕЛКОМ, расширение представления о влиянии мегаполиса на акваторию Балтики.

В программе Дня Балтийского моря проходят научно-практические конференции, конкурсы детских экологических рисунков, телемосты с природоохранными организациями Швеции и Финляндии, пресс-конференции для журналистов, встречи специалистов, интересующихся вопросами состояния Балтики и оказывающих помощь в возрождении ее экологического благополучия, обмен опытом на региональном и международном уровнях..